1、分工合理，职责明确很多企业的领导在实施MES时有一个误区，他们认为：“计算机能够解决一切的管理问题” 。事实上，许多企业面临的管理问题是不可能单单靠计算机就能解决的，必须要靠企业自身科学的组织、严格的规章以及有效的控制进行解决。计算机只能通过信息的获取与加工、一定的流程的控制来支持企业的管理思想的贯彻。
有些企业的组织结构方面不合理、职能相互重叠，其结果往往是责任不清、相互的扯皮。这一方面妨碍了MES系统的顺利实施，另一方面也很难保证MES系统正常的地运行。因此，在MES系统实施时，必须对企业的业务流程进行合理的重组，去除重叠的部门的责能，减少无效的劳动，合理的分工、明确责职。这样既可以简化MES软件的权限的设置和流程的控制，又可以保证了信息处理的及时性，为MES系统的实施提供组织保证。
2、定置的改善车间的环境
定置，是指通过对生产和工作的环境的分析，把生产以及工作需要的物品按照工艺的需要科学地确定位置。定置管理，则是指对现场的物品定置的设计、组织、实施、控制，使现场的管理达到科学化、规范化、经常化的全过程。定置的管理为生产者在较短的时间内用较低的成本制造出高质量的产品提供良好的客观的条件。通过定置的管理，理顺物流，可以为MES系统的实施提供良好的车间的环境。
3、MES系统项目的正确实施
完善了管理环节，接下来就是要考虑MES系统项目的实施。一个典型的MES系统实施的进程，主要包括前期的工作、实施的准备、模拟的运行与试运行、切换运行以及新系统的运行几个阶段。再就是项目的前期，打好基础。
4、人员方面得以保证
MES系统实施，通常会涉及到计算机的人员、企业的管理人员、车间现场的操作人员和具体的业务人员等方面。不仅涉及的面广，而且各类人员的文化水平、业务的能力、计算机的应用水平也是参差不齐。因此，为了保证MES系统的顺利的实施，必须对相关的人员进行足够的培训。
对不同类型、不同层次人员的培训的方式应有所不同。实际上，在整个MES系统实施的过程中，培训工作是贯彻始终的。不仅要在实施准备的阶段进行原理的培训，而且在实施准备、模拟的运行以及试运行、切换运行、新系统的运行过程中也要进行有关的培训，如软硬件产品的培训、系统管理员的培训和持续扩大的培训等。只有企业的员工对MES系统软硬件的产品有了一定的了解，才能够保证系统终的顺利的实施和应用。
我们一再强调，MES系统只是一套工具，能否把它应用得恰到好处，还是需要企业自身下很大功夫的！