医疗机构许可证的办理是一个相对复杂但重要的过程，主要涉及到向当地卫生行政部门提交申请并经过一系列审核流程。以下是根据《医疗机构管理条例》及相关实施细则整理的办理医疗机构许可证的详细步骤和所需材料：
一、办理条件有设置医疗机构的批准书。
符合医疗机构的基本标准。
有适合的名称、组织机构和场所。
有与其开展的业务相适应的经费、设施、设备和专业卫生技术人员。
有相应的规章制度。
能够独立承担民事责任。
二、所需材料《设置医疗机构批准书》或《设置医疗机构备案回执》。
医疗机构用房产权证明或使用证明。
医疗机构建筑设计平面图。
验资证明、资产评估报告（如有必要）。
医疗机构法定代表人或者主要负责人以及各科室负责人名录和有关资格证书、执业证书复印件。
医疗机构规章制度及操作流程等相关文件。
普通设备清单和药品种类清单。
在申请执业登记时，还需提交《医疗机构执业许可证》申请报告及《医疗执业登记注册书》。
此外，根据部分地区或特定类型医疗机构的要求，可能还需提交以下材料：
设置医疗机构可行性研究报告。
医疗机构选址报告。
医疗机构医务人员的体检表。
医疗机构常用药品目录和常用医疗器械目录。
三、办理流程申请与初审批：
申请开办医疗机构的单位或个人应向所在县（区）卫生局提出书面申请，并提交相关材料。
卫生局在收到申请后，会对申请材料进行初步审核，判断是否符合基本条件。
材料审核与现场验收：
审核申请材料，包括但不限于医疗机构法定代表人或主要负责人的资格证明、医疗机构用房产权证明或使用证明、医疗机构建筑设计平面图等。
派出人员进行现场考察，核实申请材料的真实性及医疗机构的实际情况。
领导核准与审批：
经审核和现场验收合格后，由卫生行政部门的领导进行核准，并作出是否批准的决定。
批准后，会制发《医疗机构执业许可证》。
公示与发证：
对批准设立的医疗机构进行公示，无异议后正式颁发《医疗机构执业许可证》。