食品检测仪主要是用来检测、检验和分析食品中有毒、有害物质，现有的食品检测仪主要有以下几类：
①农药残留检测仪器：主要是气相色谱仪(GC)加液相色谱仪(HPLC)辅助检测，当物质较为简单时，用气相色谱与质谱联用仪(GC–MS)定性检测，当基质较为复杂时，用 LC–MS 甚至用 GC–MS–MS 确证。
②有害化合物残留、渔药和兽药残留检测仪器：由于这类残留物较复杂，一般用液相色谱仪进行检测为主，以气象色谱仪、离子色谱(IC)、薄层色谱(TLC)等辅助检测。当需要做多种残留快的速检验，几乎均用 LC–MS–MS。
③有害元素及其价态的检测仪器：最常用的检测仪器是原子荧光光谱仪(AFS)、原子吸收光谱仪(AAS)、电感耦合等离子光谱仪(ICP)和具有更高灵敏度的 ICP–MS；为鉴定元素的价态，一般采用元素分析仪与各种色谱分离系统联用。
④细菌病源性检测仪器：传统的检测仪器是用镜检和菌落计数器等，目前用于细菌、致病菌鉴定的仪器有六种以上。广为应用的仪器包括基因检测仪器、碳源代谢利用率检测仪器、生物芯片技术平台、基于表面等离子谐振(SPR)仪器及基于细菌特征脂肪酸谱的仪器。
⑤微生物毒素检测仪器：目前使用较多的是酶标仪、薄层色谱仪、测定仪等，内源毒素类可用液相色谱仪或分光光度计检测；近年来海洋生物毒素的检测广泛运用液相色谱仪以及 CE 和 CE–MS 联用仪检测。
⑥转基因产品检测仪器：主要方法包括基因转录水平和基因水平的检测，主要使用离心机等制备基因样品的设备，用基因扩增仪(PCR)和酶标仪、电泳系统等进行分离、分析和检测的仪器。
⑦样品前期处理的仪器：食品安全分析、检验是在极复杂的样品中进行检测，只有微量的残留物和污染物，采用传统的样品前期处理仪器会使测量精度大大降低，甚至无法检测出污染物浓度，因此必须采用新技术生产的样品前期处理仪器设备，目前使用较多的如固相萃取仪（SPE）、凝胶渗析萃取仪（GPC）、基质固相分散萃取仪（MSPDE）、固相微萃取仪（SPME）、超临界萃取仪（sFE）等新仪器。
⑧食品品质和营养成分的检测仪器：食品品质指标包括营养价值概念和食品安全性的概念两方面。常用来检测的仪器有维生素测定仪、蛋白质测定仪、脂肪测定仪、氨基酸测定仪和微量元素测定仪等。
⑨各类快速、现场检测设备：大量快速筛查的检测设备，生产现场在线质控仪器和现场速测仪。
⑩实验室必备的中、小型检测仪器设备 。