建立审核重点物料平衡，进行废物产生原因分析。本阶段的工作重点是实测输入输出物流，建立物料平衡，分析废物产生原因。
一准备审核重点资料（收集资料，编制工艺、设备流程图）。该步骤由生产、环保、管理等部门收集已确定审核重点的相关资料，力求资料齐全。
二实测输入输出物料（实测、汇总数据）。该步骤由生产部门按照审核工作小组提出的要求，实测输入输出物料，依标准采集数据，环保计量部门配合。
实测时间和周期：对周期性（间歇）生产的企业，按正常一个生产周期（即一次配料由投入到产品产出为一个生产周期）进行逐个工序的实测，而且至少实测三个周期。对于连续性生产的企业，应连续（跟班）监测72小时。
三建立物料平衡（测算与编制物料平衡图）。该步骤由生产部门按照实测的数据编制物料平衡图（物料平衡图、水平衡图）。
四分析废物产生原因（针对审核重点分析废物产生原因）。审核工作小组组织环保、生产、技术、工艺等部门分析废弃物产生原因，提出解决办法。
一般从以下方面分析废物产生原因
1、原辅材料和能源（纯度、储运、投入量、超定额、有毒有害、清洁能源等）
2、技术工艺（转化率、设备布置、转化步骤、稳定性、需使用对环境有害的物料等）
3、设备（破、漏、自动化水平、设备间配置、维护保养、设备功能与工艺匹配等）
4、过程控制（计量检测分析仪表、工艺参数、控制水平）
5、产品（储运破漏、转化率、包装）
6、废弃物（废弃物循环与再利用、物化性状与处理、单位产品废物产生量与国内外先进水平）
7、管理（管理制度与执行、与满足清洁生产需要）
8、员工（素质与生产需求、缺乏激励机制）
五提出和实施无低费方案（针对审核重点）。由审核工作小组提出方案，生产部门具体实施。