采摘蘑菇后的培养料即为蘑菇渣，一般由棉籽壳、木屑、米糠等组成，直接废弃不仅浪费资源，还会造成环境污染。蘑菇渣中含有丰富的钙、磷、钾、硅等矿物质，正确的利用，可以作为一种好的基质有机肥，种菜育苗，无土栽培或养花，种植农作物，不仅可以改良土壤，还可以节约肥料成本。
蘑菇渣不能直接施用，因为废弃的蘑菇渣里面含有大量的有害病菌和细/菌，不腐熟或自然腐熟不彻底，施用后会对农作物造成烧根烧苗现象，有害病菌容易使农作物发生病害，不仅不能改良土壤，还会使土壤变坏造成板结，盐碱化，所以蘑菇渣要先用金宝贝发酵剂发酵后在来使用。
金宝贝发酵剂发酵蘑菇渣的好处：
1.金宝贝发酵剂里面的有益菌可以抑制蘑菇渣里面的有害病菌滋生，把一些有机物质分解转化成无机物质，提高肥料的肥效。
2.可以有效调理土壤、激活土壤中微生物活跃率、克服土壤板结、增加土壤空气通透性。
3.减少水分流失与蒸发、减轻干旱的压力，保肥、减少化肥使用量、减轻盐碱损害。
4.提高土壤肥力，使粮食作物、经济作物、蔬菜类、瓜果类大幅度增产。
5.提高农产品品质、果品色泽鲜艳、成熟集中，瓜类农产品含糖量、维生素含量高，口感好。
用金宝贝发酵剂发酵蘑菇渣做有机肥的方法为以下三步：
物料菌种混合
1公斤发酵剂可以发酵2到3个立方的蘑菇渣，废弃的蘑菇棒要先粉碎下在进行发酵。一般发酵时，禁止用100公斤或一立方以下的物料做实验。发酵物料时一定要搅拌均匀，注意翻动，通气为宜。
水分控制
发酵物料的水分应控制在60%左右，水分判断：手抓一把物料，见水印但不滴水，落地即散为宜。水少发酵慢，水多通气差，可根据物料实际情况具体掌握。
温度控制
启动发酵温度在15℃以上为好，发酵一周左右即可。冬天气温低可以发酵时间长点。物料达到软化效果即可停止发酵，发酵时间过长，会消耗物料里面过多的纤维素等有效成分。