在很多食品加工厂，都会建设无尘车间，用来杜绝微生物对于易变质食品的危害。那么有哪些类型的食品需要建设无菌净化车间来进行生产加工呢？
果汁
无菌产品已经占领了单包装（250毫升 ）果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。
奶制品
瑞士的酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的腊肠包装中经常用到无菌处理。一些大型设施要求100,000级（ISO8和9级）以上。
啤酒
啤酒、果汁和汽水无菌填装工艺增加了ISO 5级（100级）和ISO 6级（1,000级）洁净室。
传统系统中隧道式巴氏法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量。
面包房
面包房现在正逐渐接受洁净室技术。