无尘车间的洁净度往往受到气流的影响，即人、机器隔间、建筑结构等所产生的尘埃的移动、扩散会受到气流的支配。无尘车间是利用HEPA（过滤器）、ULPA（超过滤器）过滤空气，其尘埃的收集率达99.97~99.99995%之多，因此经过这两种过滤器过滤的空气可以说是十分干净了。然而无尘车间内除了人以外，还有机器等发尘源，这些尘埃一旦扩散，就无法保持无尘的空间，因此必须利用气流将发生的尘埃迅速排出室外。
无尘车间内的气流是左右洁净室性能的重要因素，一般无尘车间的气流速度是选0.25~0.5m/s之间，此气流速度属微风区域，易受人、机器等的动作而干扰趋于混乱、虽提高风速可抑制此一扰乱之影响而保持洁净度、但因风速的提高，将影响运转成本的增加，所以应在满足要求的洁净度水准之时，能以适当的风速供应，以达到适当的风速供应以达到经济性效果。
垂直层流式方向要保持均一气流必须：(a)吹出面的风速不可有速度上的差异；(b)地板回风板吸入面之风速不可有速度上的差异。速度过低或过高(0.2m/s，0.7m/s)均有涡流之现象发生，而0.5m/s之速度，气流则较均一，目前一般的无尘车间，其风速均取在0.25~0.5m/s之间。
影响无尘车间的气流因素很多，如制程设备、人员、无尘车间组装材料、照明器具等，同时对于生产设备上方气流的分流点，亦应列入考虑因素。一般操作台或生产设备等表面的气流分流点，应设于无尘空间与隔墙板间距2/3之处，如此可使作业人员工作时，气流可从制程区内部流向作业区，而将微尘带走；若分流点配置在制程区前方，将成为不当的气流分流，此时大部份的气流将流至制程区之后，作业员操作所引起的尘埃将被带到设备后面，工作台因此将会受到污染，产品合格率也会降低。
无尘车间内的工作台等障碍物，在相接处均会有涡流现象发生，相对地在其附近的洁净度将会较差，在工作台面钻上回风孔，将使涡流现象减少；组装材料的选择是否恰当、设备布局是否完善，也是气流是否成为涡流现象的重要因素。