公司保函：开取较为便捷，办理资料较简单（中标通知书或合同、担保协议、反担保协议），费用较低。但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门等批准，因而其出具的保函具有区域作用限制。
银行保函：
1. 保函性质：由于其出具的保函具有专业金融性质、实质担保的能力更强以及其银行信用等特点，因而公信力较担保公司出具的保函更强，所以，在大型工程招标流程中，招标方会在招标文件或中标文件、合同中明确要求投标单位提供银行保函而非担保公司保函。
2. 办理要求：银行保函办理要求相对公司保函更为严格，基本的要求是被保证方必须在保证银行方有足够的授信额度，如果没有授信额度则需要有不低于被保额度的存款准备，并且该存款在保函有效期内不可被动用。另外，费用较担保公司保函也更高；办理手续的周期也相对更长。