南京市建邺区杀虫中心成立于一九七八年，注册资金106万元，由南京市人民政府批复建立的专业除害队伍，隶属建邺区卫生局领导。2009年成为中国卫生有害生物防制协会会员单位。2011年6月由中国卫生有害生物防制协会向建邺区杀虫中心颁发了国家有害生物防制服务机构A级资质证书。建邺区杀虫中心成为全国27强单位之一，南京的国家A级资质单位。
成立30余年来，建邺区杀虫中心积累了灭鼠、灭蟑、灭蚊、灭蝇和其它有害生物控制的经验，不断提高技术水平，现有高级专业技术人员12名，另有专业服务人员20人。现场除害工作均由中级专业技术人员和南京市除害协会培训合格的专业人员承担，致力于有害生物防制和研究，撰写的多篇论文在《医学动物防制专业杂志》上发表。
近年来，建邺区杀虫中心以科学、绿色环保、优质服务为宗旨，承担了南京市地铁公司地铁全线、南京市国际博览中心等百余家宾馆、餐饮、机关、大中型企事业单位和社区公共环境的除四害灭杀工作。承担了南京市主要大型社会公益活动的除四害保障任务，并得到了各界的一致的好评，如：2010年中国南京市河西新城国际商务周暨金秋经贸洽谈会及音乐晚会除四害保障工作；2010年南京台湾名品城开幕式的灭杀蚊蝇的保障工作；2011年南京市瘦肉精猪的无公害化的处理工作。