南京新中医学研究院是集医、教、研于一体，针对祖国传统中医学的开发、研究和推广临床进展教育的单位。中华医药科学院南京新中医学研究院荟萃了以教授、主任医师和年轻的医学博士、硕士为主，在国内医疗界某些专业领域堪称的专家队伍，开展针刀医学及多种特色医疗新技术的研究和推广，并受国家中医药管理局、中华中医药学会、中国保健协会、人力资源和社会保障部中国就业培训技术指导中心委托开展CETTIC职业技能培训鉴定，在南京和其他地方建立了稳定的教学基地和进修实习基地。
中华医药科学院、南京新中医学研究院现任院长由原中华中医药学会针刀医学分会常务副秘书长兼办公室主任、中国中医研究院长城医院对外办公室主任、中国中医研究院针刀医学培训中心临床教学部主任王自平担任院长。本院继续坚持正确的办学方针和不断创新的教学方法，充分发挥长期以来形成的师资力量、办学条件、教学环境的优势，以高度的责任感精心组织、严格管理、热情服务，取得了良好的教学效果。本院培训以其选题准确、实用、办学效果卓著业已在全国成人医疗教育界享有一定声誉。学院宗旨：讲出新东西，教会真本事。